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南京工程学院学报·自然科学版杂志创刊于2003年， 发行周期为季刊， 是一本科技类 省级期刊， 由南京工程学院主办， 南京工程学院主管， 内容节奏经过编排与改进，受到越来越多的读者喜爱。

杂志论文栏目设置：设计与制造工程、轨道交通与土木工程、基础科学、等。