“中国期刊方阵”的基本框架分为4个层面，形成宝塔形结构。
第一个层面为“双效”期刊
以全国现有8135种期刊为基数，按10%—15%的比例选取社会效益、经济效益好的1000余种期刊，作为“中国期刊方阵”的基础。通过各省（区、市）和中央部委评比推荐产生。
第二个层面为“双百”期刊
即通过每两年一届评比产生的百种重点社科期刊、百种重点科技期刊。每届进入全国“双百”重点期刊数量控制在200种左右。
第三个层面为“双奖”期刊
是全国“双百”重点期刊基础上评选出的国家期刊奖、国家期刊奖提名奖的期刊。此类期刊约100种左右。
第四个层面为“双高”期刊
即高知名度、高学术水平的期刊。此类期刊约50种左右。
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