影响因子现已成为国际上通用的期刊评价指标，它不仅是一种测度期刊有用性和显示度的指标，而且也是测度期刊的学术水平，乃至论文质量的重要指标。影响因子是一个相对统计量。
一、学科间差异的影响
不同的学科由于其内在科研规律的不同，在做研究时所需引用他人的研究成果的数量也相差很远，因而导致不同学科间统计的影响因子平均值差别较大。
二、不同体裁论文的影响
文献综述性文章是对前人研究成果的客观评价与分析，包含的内容多，涉及到的文献多，对后人进行同类科学研究具有指导性意义。但客观评价，综述性文章与原创性科学研究论文相比，其学术性较低。但正是由于综述性文章后引用文献较多，对后来的研究者有帮助而导致其被引频率较高。如果某期刊发表的论文中文献综述性文章所占比例较高，则其影响因子会明显高于一般的研究性论文。这样导致的影响因子高并不代表期刊真实的学术影响力，因此评价期刊时还应考虑到期刊中文献综述性文章所占的比例。
三、期刊类型的影响
自然科学类期刊大致可分为学术类期刊、技术类期刊、研究进展类期刊和科普类期刊4类。每一类期刊由于各自发表的论文类别不同，引用率与引用习惯各不相同，导致每类期刊间的影响因子差别较大。如能源类共有37种期刊，平均影响因子为0.275，其中8种学术类期刊（指该类别中的高校学报类，不含专业性学术期刊）的平均影响因子仅为0.181，其余的29种期刊（大多为技术类）平均影响因子则达到0.301。我们曾对中国科技期刊引证报告（2004年版）中的研究进展类期刊进行了不完全统计，20种综述类期刊影响因子的平均值为0.523，远高于该书统计的1576种期刊的平均影响因子。
四、刊文数量与作者数量的影响
期刊刊文数量越多被其他期刊引用的可能性就越大期刊的影响因子也就越高。但是，由于影响因子是被引用文章数与期刊发表文章总数的比值，所以期刊的影响因子受刊文数量的影响不大。期刊的作者数量则与影响因子成正比。因为科学研究具有继承性，某一作者的研究方向一般是固定的，同一研究方向可能产生若干篇论文，后续文章大多参考作者本人已发表的论文，因此期刊的作者数越多，影响因子也越大。
五、统计时间段的影响
一般影响因子的统计时间段为2年。如果统计时间段取为5年，由于时间跨度大，又有很多因素影响期刊的引用次数，有可能导致期刊影响因子的排序发生变化。如期刊在某年发表一篇重要的论文被广泛引用，若引用鼎盛期位于统计期内，则影响因子就大；另外期刊更名，在统计期较短的情况下可能使影响因子下降，但统计期较长时则不会产生太大的影响。
六、收录样本数量的影响
目前科技期刊影响因子的统计机构有2个，一是中国科技信息研究所，另一个是清华大学中国学术期刊光盘版电子杂志社和中国科学文献计量评价研究中心。前者2004年的统计样本期刊为1576种，后一种统计样本为5716种。显而易见，统计样本越多，统计到的被引次数应该越多，影响因子也就越大。
七、编辑部引文动机的影响
由于多年来各科研和评价机构已把期刊的影响因子作为衡量期刊学术水平的重要指标，从而导致个别编辑部为了提高该指标而采用一些非正常手段，造成期刊的“聚引”和“爆引”。所谓“聚引”是指几个编辑部之间达成协议，相互之间多引用彼此的文章；“爆引”是指编辑部无视作者的权利，在不经作者同意的情况下将本刊已经发表过的文章强行作为作者将要发表的内容相关的文章的参考文献。因此，在对期刊进行学术评价时，不仅要参考影响因子，还要同时参考他引率和扩散因子等指标，以防止这种恶意引用现象的发生。
八、作者引文动机的影响
作者发表文章时一般参考自己先期发表的与之研究相关的文章，这是科研成果的继承性决定的，也是可以理解的。但在目前对学术论文评价机制不太健全的情况下，尤其是有的单位将发表的论文被引用的次数作为对作者奖励和晋级的指标，个别作者动机不纯，同课题组间互相引用，甚至是与本研究不相关的也滥加引用，这有可能导致期刊影响因子的提高，但这种提高是不能说明期刊和其上的论文的学术水平的，且对净化学术环境也是极为不利的。
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