一、学术质量不尽理想
由于中国科技期刊的影响力普遍较低，因而在研究评价中不被重视，并由此而导致大量的高学术水平的稿件投向国外科技期刊发表，优秀稿件的大量外流客观上使得中国科技期刊的学术影响力很难得到提高。
二、国际化程度比较低
我国的科技期刊在海外的发行量普遍较低，被国际性检索系统检索的期刊数量偏少，有自己独立的、具丰富信息网站的期刊很少，并且缺乏向国际科学界展示自己的途径，很难通过国际性学会或国际性会议等渠道提高期刊的显示度。
三、出版质量有待提高
目前我国大多数科技期刊的运行机制是：从选题、组稿，到履行同行评议，以及编辑加工，甚至录入排版、发行等，都是由编辑部具体承担，这种小而全办刊形式的直接后果就是编辑大多缺乏组织论文选题的时间和能力，使得编辑专业队伍素质参差不齐，缺乏具备管理和策划的综合能力，编辑整体水平有待提高。许多编辑只能做到对来稿进行简单的编辑加工，然后照样排版发表。没有对内容的基本理解和对每期编排的整体策划，无法给专业读者以启发和引导。
四、经营管理简单粗放
在我国，由于长期的计划经济和不重视期刊的产业化经营，只片面强调科技期刊的学术性、社会性，缺乏创新意识，忽视科技期刊的社会化程度，造成了宏观体制上的有系无统的局面，微观体制上的各自为政的小生产经营方式，严重地影响了科技期刊产业的发展。科技期刊管理体制相对于科技事业发展滞后主要表现在：缺乏科学、先进的管理理念；管理工作不够重视，重编辑、轻管理；管理体制和运行机制缺乏创新；管理方法与手段比较传统、陈旧，与现代化传媒产业发展不适应；管理人员素质有待提高。
五、效率低下维持温饱
由于长期以来传媒产业的事业定性，不注重经营，加上大锅饭、铁饭碗的思想，科技期刊产业缺乏经营意识，不知道如何开展经营活动，大多数科技期刊编辑部没有专业的经营人才，收入主要依靠事业拨款、版面费。
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