一、部分期刊政治方向和学术导向意识弱化
哲学社会科学具有鲜明的意识形态属性，学术期刊作为哲学社会科学事业的重要组成部分，坚持正确的政治方向和学术导向是毋庸置疑的。当前，学术期刊的主流是好的，绝大多数学术期刊坚持以马克思主义为指导，服务中国特色社会主义事业，用科学的理论和学术成果巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位。但同时，也有极少一部分学术期刊亟待加强政治方向和意识形态建设，主要体现在三个方面：一是离心化。主要表现是以学术自由、研究无禁区等为旗号，刊发认同、新自由主义、普世价值论、西方宪政民主论、儒化中国论等不良思潮的文章。这些文章往往通过“重评”“重构”“重写”等方式，在厚重的学术外衣包裹下，宣扬错误的理论观点和价值观念，其实质和根本在于以曲折和隐晦的方式否定党的历史和新中国的历史，攻击党的领导和社会主义制度。二是简单化。主要表现是将坚持正确的政治方向作简单化、概念化、庸俗化的理解，把口号式、标签式的文章标榜为坚持正确方向，不愿意俯下身来做深入的研究，流于形式，流于表面，这种做法同样有损于马克思主义声誉，不利于树立正确的政治方向和巩固主流意识形态。三是割裂化。着力提高学术研究的质量和水平，当然是一项急务，但这决不意味着拒斥哲学社会科学研究的意识形态属性，将学术研究看作纯而又纯、价值无涉的事物和行为。不能将问题理解为远离了政治方向，就天然地可以提升学术质量。而当前有极少数期刊以学术的名义排斥马克思主义、否定唯物史观，将涉及意识形态的研究成果一概排斥为“非学术”，不予发表。
二、期刊多而不强，学术质量亟待提高
目前，我国的学术期刊虽然阵营庞大，但是多而不强，学术质量亟待提升，同时议题设置能力弱化，难以掌握主流学术话语权。主要表现在以下三方面：第一，盲目崇拜西方理论，创新能力不足。当前学术研究对西方理论严重依赖，自身学术理论的原创力、创新力不足。中国道路、中国经验与西方国家存在明显差异，但一些研究简单照搬西方理论框架、数学模型，塞进所谓中国的材料，使中国的材料成为西方理论的佐证。对这种现象，有学者斥之为“生中国病、吃西方药”。另外，可以暴露中国问题的、大量堆砌模型和计量的、采用外国数据的文章，在ＳＳＣＩ收录期刊更容易发表，有的作者就投其所好，刻意“生产”这种论文。种种现象表明，一些学科忽略理论对研究的指导，基础理论薄弱，本土化理论建构不足，陷入模仿西方研究范式的怪圈而不可自拔，在国际学术界缺乏中国话语权和解释力。第二，脱离现实，问题意识薄弱。当前学术界在办刊和研究中均一定程度上存在着问题导向意识不明确，学术研究与现实脱节、脱离的问题。一些研究成果缺乏现实关怀，与中国现实问题隔阂，对当下的阐释力严重不足。一些实践性比较强的学科缺乏田野调查，闭门造车，周旋于文本之间，满足于辞藻的堆砌，研究成果无法契合社会现实。一些研究采用先定的模型和预设的结论，生产所谓论文，例如预设国企是没有效率的，违反这一预设的论文则统统被认为没有意义。还有一些对策性研究，操作性不强，不能实现学术话语与政策话语的有机转换，难以真正为决策提供有力的智力支撑。第三，“碎片化”严重，理论思维弱化。在学术期刊越来越专业化、学术研究越来越精细化的同时，伴生了研究“碎片化”的严重倾向。学术研究陷于琐碎、片面、狭隘的境地，缺乏系统性、宏观性和整体性研究，导致理论研究“去中心化”“去规律化”。“碎片化”使得研究的问题分类太细，长时段、系统性研究不足，无法从总体上去把握一个理论体系。
三、期刊结构欠佳，低质化、同质化现象突出
从绝对数量来讲，我国学术期刊数量并不少，但结构不合理，整体布局无序，期刊的低质化、同质化、学科不均衡、“自留地”等问题较为突出。一是低质化。学术期刊“多而不强”，缺乏“拳头产品”，很难拿出在国际学术界具有重大影响的期刊。而目前国际上著名的出版集团，旗下往往有很多种期刊，影响力巨大。国内期刊往往单一作战，弱而散，难以与国际重要出版集团开展竞争。二是同质化。这一现象早就为学者所诟病。张耀铭先生在十余年前就谈道，“学术期刊，尤其是拼盘式的综合性期刊，‘趋同化’现象非常严重。中国高等院校文科学报有千余家，综合类的期刊就占了三分之二。编辑方针趋同、编辑模式趋同、栏目设置趋同，甚至探讨的社会热点问题也趋同”。目前，仍有不少学术期刊栏目设置大体相同，选题重复，观点雷同，缺乏特色，缺少亮点，个性特征模糊。这一状况反过来进一步助推了期刊的同质化问题。同质化问题在高校学报中尤为突出。朱剑先生就此提出，我国高校人文社会科学学报的数量已经超过千家，占据了社科学术期刊的半壁江山，但基本都是综合性的和内向性的（即以刊发内稿为主），“千刊一面”“低水平重复”甚至“学术垃圾场”等来自学界的批评和诟病不绝于耳，一些学报印数低，读者少，学术地位正在失去学术共同体的认可。三是学科不均衡。学术期刊的整体设置应与学科发展相协调。但由于历史的原因，一些发展迅速、规模较大的学科，专业期刊很少，与学科发展态势不匹配。例如，社会学是一个改革开放之后快速成长的学科，直接关系我国的社会建设、民生问题，但全国性的专业期刊只有寥寥数种，难以完全满足社会学学者的需求。政治经济学等学科同样存在这一问题。四是“自留地”倾向。创办学术期刊的目的是为广大学者提供学术交流的公共平台，但目前有一些期刊成为主办单位的“自留地”。中国社会科学院中国社会科学评价中心提供的数据表明，在该中心统计的７３３种学术期刊中，宗教学、综合性人文社会科学、民族学与文化学等学科的“自留地”现象较为明显。宗教学学科共有两种期刊，在２００９—２０１３年５年间共刊载１ ５９１篇论文，其中期刊主办单位与期刊论文作者单位相同的论文有３５９篇，比重为２２．５６％。综合性人文社会科学期刊的“自留地”比重为１９．８０％，民族学与文化学期刊的“自留地”比重为１９．６４％。部分期刊的“自留地”化垄断了学术资源，有碍于学术成果发表的公平原则。
四、对数字化准备不足，面临新媒体严峻挑战
现代高新科技、经济全球化浪潮等因素正在日益迅速而强烈地改变着人类社会的组织结构与运行机制，同时这种影响已经渗透到学术研究之中。人类社会似乎正在“迈向基于网络平台的知识生产时代”，“今天的网络，正以其巨大的整合性与包容性将所有传播媒介交融荟萃成一个生动的人机界面，从而为人类文化的整体互动提供了广阔的舞台，也为当代的知识生产活动开辟了以时空压缩与时空延伸并存的多元的全新场域”。对以纸质媒介为主的学术期刊界来说，一个很大的冲击和危险就是包括电子期刊、数字图书馆、网上论坛、博客文章等在内的数字化新媒体的勃兴。概括起来，新媒体至少有以下优点是传统学术期刊所无法比拟的：其一，传播速度快，对重大事件和重要信息反映迅捷灵活；其二，表现形式丰富多彩，更易吸引人们关注；其三，载体无纸化，更加适应现代社会便捷、高效、环保的要求；其四，较传统学术理论期刊更少受到发表的各种审核，更易传播阅读；其五，也是最重要的一点，就是从现实的学术研究状况来看，很少有学者再去大量阅读纸质学术期刊，而普遍是通过期刊数据库、开放获取等途径阅读电子文档，纸质学术期刊更多地在提交材料等方面派上用场。面对这一严峻现实，如何扬长避短，早日实现转型，重拾学术期刊的优势，在新媒体大行其道的今天继续发挥优长，是办好学术期刊必须深入思考的一个重大问题。
五、编辑队伍日趋边缘化，编研水平亟待提高
编辑是刊发学术成果，使之走向学界、走向社会的第一道关口。编辑工作至关重要。当前，学术期刊工作中一个不争的事实是，编辑队伍正在处于被边缘化的困境，编辑工作没有得到应有的重视，编辑的价值和作用难以体现。目前期刊界一个反常的现象是，“一流人才做研究，二流人才搞教学，三流人才做编辑”。这较为直观地反映了编辑在目前所处的学术地位和社会地位。与此相应的是，学术期刊编辑的研究水平和编辑水平普遍弱化，满足于学术文章的拼凑，既较少具备一流的学术研究眼光，又欠缺一流的编辑主体意识，从编辑家沦为编辑匠，从推动、引领学者的研究变成一味追逐学术明星，不以刊发具有重要创新价值的成果为荣，而以刊发名家大腕的文章为荣。编辑在文字质量方面也存在严重问题，很多基本的汉语规范遭受冲击。一些期刊管理部门开展的培训、讲座，汲汲于获益逐利，流于走过场，忽视真正的技能培训。这些问题同样严重制约着我国学术期刊的健康发展。
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