一资源分散，集约化程度低
改革开放以来，我国期刊得到了快速发展，到目前为止，有各类期刊近万种，而由高校主办的期刊有约3000余种，其中有社科期刊、自科期刊，有学术期刊、科普期刊、市场化期刊，期刊样态多元化。而这些期刊又多集中在中央部委和教育部所属高校。2008年的中国高校科技期刊现状调查与分析研究报告显示，中央部委和教育部所属高校平均每校有4.96种期刊，如华东师范大学主办的期刊就有24种。地方所属高校平均每校仅有0.76种期刊，规模太小，能力较弱，且资源分散，没有形成规模效应。
一方面资源分散，另一方面高校期刊的办刊模式较单一。由于管理体制的原因，高校期刊大多没有生存的危机感，办刊经费方面都停留在“等靠要”的计划经济观念和生存模式中，稿源方面也是在等稿上门。较少有广告经营，也对发行量、社会反响、读者和市场的需求等问题也不十分关注，只要期刊按时出版就行。在这种情况下，期刊社或编辑部更多的是在生产期刊，而非经营期刊。长此以往，导致事业单位体制下的高校期刊消极办刊模式，以及“校办刊，校出钱，为校服务”的办刊定式。虽人人皆知“散、弱、小”等现象普遍存在，但也不愿打破现状以寻求更好发展。
二缺乏特色，同质化现象严重
高校中所创办的期刊，大多数是集文学、哲学、历史或管理、经济、法学等学科为一体的社会科学类学报，或者是以数学、物理、化学、环境、工程等学科为主的自然科学类学报，这类横跨多个学科的综合类高校期刊，虽然可以较全面地涵盖知识面，却存在同质化现象严重，缺乏期刊自身的特色等问题。
一本期刊是否有特色，很大程度和栏目的策划有关。栏目作为期刊的重要“品牌”，其策划会直接影响到期刊的学术质量和市场竞争力。期刊栏目一般由编辑设置，是编辑主体性策划的产物。栏目的设置应符合办刊宗旨，体现特色；点面结合，结构台理；既要稳定，又求创新；名称简洁，内容贴切。目前，多数高校都属于综合性大学，其学报也多为综合性期刊，缺乏特色栏目和专题。高校期刊应反映最新的科研水平，及时报道学术的新发现、新成果，以更好促进学科发展和学术交流。如果不注重栏目的策划，不考虑期刊的优势栏目，不注重特色栏目的组稿工作，久而久之，一本学报几乎包含了所有学科，多而不精，学报也就会成为一个“大拼盘”。况且，由于涉及的学科太多，导致学报学术水平低，学术利用价值不高。此外，高校期刊在栏目和发行营销等方面模式固定，相互模仿，以至出现逐渐趋同的现象。这些都是影响期刊发展的传统弊端。
三封闭办刊，缺乏活力和创造力
高校期刊一般是由高校主办，或者由高校和专业学会等机构共同主办，期刊社或编辑部是高校的直附属单位，不是独立的法人，办刊经费由高校和期刊联合主办单位提供。因此，高校期刊的经营往往没有刚性目标，因此，对自身刊物内容特色和质量等方面缺乏精细化思考，导致其学术影响力低，市场竞争力弱.
以西南大学为例，学校主办的公开发行的期刊有13种，虽说有几种期刊在全国也有一定影响，如《西南大学学报（社会科学版）》《西南大学学报（自然科学版）》《西南师范大学学报（自然科学版）》均是核心期刊，前两者还是“重庆市重点学术期刊建设工程”资助的期刊，《环球人文地理》是“重庆市品牌报刊工程”资助的期刊，但学校的这13种期刊总体处于一个分散的状态。西南大学期刊社期刊社管理了6种期刊，其他期刊分散在不同的学院和其他科研部门，各自为政，部分期刊没有体现出学校的学科优势和期刊特色，底蕴不足；有的期刊无专职的编辑人员，办刊力量薄弱，编校质量差；个别期刊处于“维持”状态。这些问题的存在，制约了学校期刊向集约化、规模化方向的发展。因此，深化高校期刊改革，提高期刊质量和影响力，增强期刊的核心竞争力势在必行。
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