中科院JCR期刊分区是中国科学院文献情报中心世界科学前沿分析中心的科学研究成果，分区表的期刊范围总体遵从于JCR的SCI期刊范围，因为各种因素差异，有些被SCI期刊不在中科院期刊分区表中，主要有以下五种原因。
一、新刊
刚刚被SCI数据库收录的期刊因为受到算法局限，不能计算影响因子，所以不能被JCR收录，同时中科院期刊分区表的期刊来源于JCR的期刊集合，所以中科院的分区表中也没该刊。
二、期刊合并
部分期刊分成多个版本发行，少数期刊版本有自己的名称和ISSN，JCR在处理时，将它们合并在了一起，作为一本期刊计算相关评价指标和分区。中科院期刊分区表采用的处理方式和JCR相同，所以，要查询期刊的影响因子和分区，需要使用合并的刊名或者ISSN查询，否则无法查询到该刊数据。
三、刊名变更
对于变更刊名的期刊，JCR和中科院期刊分区表都会重新计算该刊的影响因子，只保留变更后刊名和ISSN，所以以期刊更名前的信息来查询，是查询不到的。
四、镇压期刊
每年都会有一批期刊因为自引率过高或者两本(或多本期刊)相互之间引用作弊被镇压。被镇压的期刊在JCR中没有影响因子，中科院期刊分区表中也不收录这些期刊。
五、剔除期刊
因为质量达不到Web of Science的收录标准，一部分期刊会被剔除出Web of Science的收录范围。这些被剔除的期刊，可能在JCR中查询不到，同样在分区表中也可能没有分区数据。
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